在首次墙外调查途中，懵懂无知的调查兵团成员遭遇了最为惨烈痛苦的一刻。而就在当时，艾伦•叶卡（三浦春马饰）被吞噬后竟也异变成巨人，并以压倒性的攻势消灭了其他巨人。幸存者们回到城中，而艾伦则被政府抓住，命悬一线。关键时刻，一只铠甲巨人从天而降，抓走艾伦后迅速离开。当艾伦从昏迷中醒来，发现自己和敷岛（长谷川博己饰）置身于一个封闭的房间里。敷岛淡定自若，向眼前的青年讲述了巨人诞生的可怕真相。与此同时，三笠•阿克曼（水原希子饰）、阿明•阿诺德（本乡奏多饰）等人经过讨论后也展开相应行动。与巨人的对抗进入了新的阶段……