在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和在视听处理上，导演有意淡化戏剧冲突。数字修复为历史影像带来革新，全彩上色让历史更加鲜活，画面呈现拓展表现空间。但技术使用十分克制，整体色彩保持历史本色。整体表现注重意义深度。色彩选择体现历史责任感，声音设计追求简约效果。。　　这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。　　另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。　　随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。　　随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……